В АО «ЭНИЦ» внедрена и результативно функционирует сертифицированная система менеджмента качества (СМК АО «ЭНИЦ») в области использования атомной энергии по следующим видам деятельности:
- проведение научных исследований и разработок;
- разработка, конструирование, проектирование, изготовление, наладка, техническое обслуживание и ремонт технологических систем и систем управления;
- оказание инжиниринговых услуг;
- комплексная поставка оборудования: электротехнического, контрольно-измерительного; автоматизированных систем управления технологическими процессами.
СМК АО «ЭНИЦ» сертифицирована:

- в Органе по сертификации TÜV Thüringen e.V., (Германия) на соответствие международным требованиям ISO 9001:2015.
Сертификат TÜV International Certification № TIC 15 100 179961.
Срок действия с 21.10.2020 по 30.08.2023.
В июле 2020 года успешно была проведена ресертификация системы менеджмента качества.
В июле 2021 года пройден 1-й наблюдательный аудит на определение степени соответствия системы менеджмента качества требованиям стандарта ISO 9001:2015.

- в Органе по сертификации АНО «ИнИИС ВВТ» на соответствие требованиям ГОСТ Р ИСО 9001:2015.
Срок действия с 05.08.2021 по 04.08.2024.